Střední Amerika se nachází v pásmu tropického podnebného pásu. Úmoří Karibského moře je bohatší na dešťové srážky, zatímco úmoří Tichého oceánu je sušší oblastí. Během roku se střídají období dešťů (přibližně mezi květnem a říjnem) a období sucha (listopad - únor). Režim srážek je výrazně proměnný v závislosti na směru větrů. Teplota je charakterizována malými rozdíly mezi dnem a nocí. V hornatém reliéfu se klima odvíjí od nadmořské výšky a expozice svahů ke světovým stranám. Ve středoamerickém regionu se často vyskytují hurikány a tropické bouře, to platí především o karibském pobřeží Belize, Hondurasu a Nikaraguy.